하우스 내에서 인위적으로 환경을 조절하여 연중, 같은 작목을 집약적으로 반복재배하게 되면 염류집적, 가스발생과 양분의 불균형 등으로 흙의 퇴화(退化)를 초래한다. 시설재배에서는 폐쇄된 환경에서 재배횟수가 많고 다수확을 위한 고농도 화학비료와 가축분 퇴비를 적정 양 이상 사용하기 때문에 과잉성분이 자연흙(露地)과는 달리 용탈되지 못하고 흙에 쉽게 집적된다. 잦은 관수시에는 표층은 적정수분을 유지하여 양?수분을 뿌리 근처에서 흡수하게 되므로 염류집적이 완화된다.
물이 부족하여 건조하면 근권의 염류가 물을 따라 표층으로 몰리고 이 때 염류는 물에 쉽게 녹는 염화칼슘, 질산칼슘, 염화칼리, 염화마그네슘 등으로 수분과 함께 표층으로 이동되고 동반된 수분이 증발하면 염류만 흙 표면에 백색의 결정으로 석출(析出)된다. 용해도가 낮은 석고나 인산염은 물에 녹지 않고 불용성염으로 그 자리에 그대로 남는다. 염류가 흙에 집적되면 용액의 염 농도가 작물의 것보다 높아지고 양분 흡수에 더 많은 에너지가 필요하게 되므로 잎에서 증산하는 수분을 뿌리에서 제때 공급받지 못해 작물은 물 부족으로 마르게 되어 생육장해가 발생한다.
염류집적은 시용한 비료에 기인한다. 특히 수량은 질소와 관계가 커서 질소비료를 많이 주게 되는데 무기질 질소비료는 암모늄태(황산암모늄)와 질산태(칠레초석, 질산암모늄)질소로 흙에서 바로 용해되어 작물에 이용되나 유기질비료는 미생물의 반응으로 유기태질소가 무기화작용을 받아 암모늄태질소로 전환되어 흡수된다. 산화조건인 밭 상태에서 암모늄태질소가 질산태질소로 산화되는 과정을 질산화작용이라 한다. 암모늄이온의 영향으로 흙의 산도가 높은 상태에서는 암모니아가스의 휘산으로 가스장해가 유발된다. 산도가 낮아지면서 아질산균의 작용으로 아질산이 생성되고 다시 질산균의 산화반응으로 질산을 생성한다. 암모늄태에서 질산태로 변하는 과정에서 아질산의 축적으로 아질산가스가 발생하여 생리장해를 유발시키기도 한다.
인산은 질소와 달리 물과 함께 용탈되거나 가스로 휘발하지 않고 그 자리에 고스란히 남아 알루미늄, 철, 석회와 화합물을 형성하고 물에 쉽게 녹지 않는 관계로 흙 표면의 인산성분의 농도는 다른 염에 비하여 낮다. 한편 칼리비료로는 염화칼리가 주종을 이루며 주성분은 상당량을 작물이 이용하나 부성분인 염소는 미량으로 흡수되고 대부분은 흙에 잔류하면서 석회나 마그네슘의 알칼리토금속이나 알칼리금속인 소디움과 염을 형성하는데 이 염류는 물에 잘 녹아 흙 용액에서 염의 농도를 증가시킨다. 특히 염소이온은 물과 친화력이 커서 식물체내에 그 함량이 높으면 수분함량도 함께 높아져 부패하기 쉬우므로 저장기간을 단축시킨다. 따라서 채소작물에서는 염소가 들어있지 않은 황산칼리를 선호한다.
염류가 집적되면 유용미생물의 활성이 저하되어 작물이 흡수할 수 있는 양분의 유효화가 부진하여 이용률이 낮아진다. 시비량 과다로 특정성분의 절대량이 부족하기보다는 양분 불균형이 더 큰 문제이다. 암모늄의 과잉은 칼슘의 흡수저해로 이의 결핍을 초래하고 칼리이온은 칼슘과 마그네슘이온과는 길항(拮抗)적으로 흡수를 저해하므로 이 이온 간의 적정비율이 지켜지도록 시비하는 것이 중요하다. 특히 미량원소인 철, 망간, 붕소 등 성분의 불용화에 따른 과부족문제에 관심을 가져야 할 것이다.
이같이 다비조건에서 집약적인 관리로 시설재배 흙의 생물성과 물리성은 화학성 못지않게 불량하다. 빈번한 관수는 흙의 과습을 야기해 삼상의 적정비율을 유지하지 못하여 산소의 부족상태를 유발시킨다. 따라서 과잉 수분상태에서 수확과 경운작업을 수시로 하여 흙의 구조가 파괴되어 통기성과 투수성을 아주 불량하게 만들어 흙의 악화를 촉진하게 된다.

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